Karakterisasi gen ketahanan terhadap suhu tinggi HSP70 pada anggrek Vanda tricolor var. suavis forma merapi
Vanda tricolor Lind.var.suavis forma merapi merupakan anggrek alam indonesia yang banyak tumbuh di lereng gunung merapi dan menjadi maskot propinsi D.I Yogyaktarta. Kemampuan V.tricolor untuk bertahan hidup di lereng gunung merapi yang sering dilanda awan panas (pyrroclastic flows) akibat sering terjadinya letusan gunung merapi yang sangat aktif tersebut, menunjukkan adanya ketahanan terhadap suhu tinggi, yang kemungkinan besar disebabkan oleh peran Heat shock protein (HSP) sebagai molekul chaperon. Penelitian ini bertujuan HSP70 pada V.tricolor var. suavis forma merapi. Metode penelitian dilakukan dengan mengisolasi HSP70 cDNA dari pustaka cDNA daun V.tricolor forma merapi berumur 2 tahun menggunakan 2 set degenate primers HSP70F1R1 dan HSP70F2R2, menghasilkan HSP70cDNA sekitar 600bp. Basic local alignment search tool (BLAST) dan BioEdit pohon filogenetik dianalisis dengan software online MOTIF search (http://www.genome.jp/tools/motif). Hasil penelitian menunjukkan teramplifikasi HSP70cDNA dengan primer HSP70F1R1 dan HSP70F2R2, masing-masing dengan panjang 600 bp dan 680 bp. Allignment sekuen cDNA hasil PCR menghasil 1212 bp cDNA. Analisis filogenetik berdasarkan sekuen asama amino HSP70 cDNA menunjukkan adanya kemiripan dengan HSP70 organisme lain sebesar 82-85% diantaranya dengan tanaman Zea mays (82%), Deandrobium officinale (84%), Arabidopsis lyrata (84%) dan Malus domesticus (85%). Pada HSP70 V.tricolor terdapat domain yang converse untuk semua jenis HSP yaitu nucleutide binding site sugar-kinase HSP70 actin superfamily pada asam amino urutan 1-400, Pox Ag35 superfamily pada asam amino urutan 750-110, serta NAD-GH pada asam amino 250-800. Ketiga domain ini HSP70 V.tricolor pada asam amino 96-110 memiliki urutan sekuen dengan pola spesifik HSP70, yaitu (LIVMY)-x-(LIVMF)-x-G-G-x-(ST)-(LS)-(LIVM)-P-x-(LIVM)-x-(DEQKRSTA). Analisis filogeni yang dilakukan dengan membandingkan protein HSP70 V.tricolor dengan protein HSP70 organisme lain menunjukkan bahwa V.tricolor memiliki asam amino spesifik yang menjadi penciri protein HSP70 v.tricolor, sehingga mampu bertahan di habitat dengan suhu tinggi.
Tidak ada komentar:
Posting Komentar