Deteksi Polimorfisme gen growth hormone (GH) pada sapi Sumba Ongole (SO)
Peran penting gen growth hormone (GH) dalam proses pengaturan pertumbuhan menjadi salah satu alasan gen tersebut digunakan sebagai kandidat penciri genetik dalam seleksi berbasis penciri genetik atau dikenal sebagai marker assisted selection (MAS) pada sapi. Keunggulan sapi Sumba Ongole (SO) (Bos indicus) pada sifat pertumbuhan dan produksi karkas merupakan potensi yang perlu digali lebih lanjut melalui teknologi molekuler dengan harapan dapat dimanfaatkan lebih lanjut sebagai bangsa sapi potong lokal unggul. Penelitian merupakan penelitian pendahuluan yang bertujuan untuk mendeteksi adanya polimorfisme gen GH pada sapi SO. Sebanyak 65 ekor sapi SO digunakan untuk penelitian ini. Polimorfisme gen GH target dideteksi menggubnakan metode polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR_RFLP) dan dilanjutkan dengan analisis sekuensing. Gen GH target sepanjang 1072 pasang basa (pb) diamplifikasi menggunakan sepasang primer yang didesain berdasarkan sekuen dari Genbank nomor akses EF592534 pada suhu optimum annealing 57C. Deoxyribonucleic acid (DNA) hasil amplifikasi selanjutnya dipotong menggunakan enzim restriksi Mspl dan hasilnya divisualisasi menggunakan gel elektroforesis. Hasil analisis PCR-RFLP menunjukkan adanya polimorfisme pada gen GH target dari DNA sapi SO dengan munculnya 3 varian pola pita. Berdasarkan hasil alignment sekuen gen GH target pada sampel DNA sapi SO dengan sekuen dari Genbank (nomor akses EF592534), terdapat sampel yang diketahui mengalami mutasi di daerah intron 3 dan intron 4. Mutasi di intron 3 berupa subtitusi nukleutida Thymine (T) dengan Cytosine (C) di titik 1047 bp, sedangkan mutasi di intron 4 berupa insersi nuklutida C diantara titik 1395 bp dan 1396 bp. Hasil penelitian ini menjadi dasar untuk dilakukan penelitian lanjutan dengan sampel yang lebih besar dan analisis kemungkinan digunakannya gen GH sebagai penciri genetik untuk sifat pertumbuhan dan karkas pada sapi SO.
Tidak ada komentar:
Posting Komentar